ภาควิชา/ฝ่ายจุลชีววิทยา มีภาระกิจหลักด้านการเรียนการสอน งานวิจัย งานบริการทางห้องปฏิบัติการ และงานบริการด้านวิชาการ โดยภาควิชา/ฝ่ายจัดทำโครงการอบรมวิชาการด้านจุลชีววิทยาให้แก่แพทย์ประจำบ้านและบัณฑิตศึกษาอย่างต่อเนื่อง นอกจากนี้ยังเป็นสถานที่ให้การฝึกอบรมและดูงานแก่ นิสิต นักศึกษา ในจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยและมหาวิทยาลัยอื่นๆ ด้วย รวมทั้งให้ความรู้แก่ประชาชนในงาน Open House และงานกาชาดประจำปี